微菌新知

腸道菌的絕對定量

2021-08-13  一般

Relative abundance(RA)是描述腸道菌相普遍使用的量化方法,但是卻有許多先天缺陷,例如菌群的RA取決於其他菌群的RA,這可能增加關聯性分析的偽陽性率,也無法知道時間序列下確切的RA變化趨勢。

本篇研究人員提出使用digital PCR(dPCR)搭配常用的amplicon sequencing,可以將菌群絕對定量,並且對於菌群濃度極低、低生物質量(low-biomass)的檢體進行偵測極限的分析;結果發現,每公克糞便至少需要 4.2×10^5 copies of 16S、黏膜組織 1×10^7 copies of 16S 才能進行菌相分析。

另外,在一項小鼠生酮飲食研究中,比較了胃腸道腸腔(lumen)和粘膜(mucosa)樣本中的菌量。dPCR測量發現生酮飲食中菌量減少,並精確描述各菌群在生酮飲食影響下在糞便和粘膜樣本中的消長情形。

此種定量分析框架—dPCR+amplicon sequencing—可用於描繪不同腸段的微菌群分布情形,搭配時間序列採樣可以更準確地分析微菌群的消長變化。

 

發表於 Nat Commun (IF 14.919)

原文 https://www.nature.com/articles/s41467-020-16224-6

腸道菌的絕對定量